風機開啓後，含塵空氣從塵源經由除塵罩、風管、進風口進入箱體，因氣流突然擴張，流速驟然降低，大粒經粉末在其自重的作用下從含塵空氣中分離而沈降至盛灰抽屜中，其余塵粒由于濾芯的篩濾、碰撞、鈎掛、靜電等作用被滯留于濾芯外壁，淨化後的空氣經風機由出口排出。
對于濕式除塵器，電除塵器也可以在藥廠的除塵系統中進行應用，但是在很少應用在實際的生産中。因此對于藥廠的除塵系統常見采用的就是以上兩種除塵器。
關于藥廠來說，也許會碰到對不同物質的除塵，這時就要注重對它們的劃分。如在飲片類車間中就也許碰到設置區域劃分的毒性飲片車間，這時就要注重將毒性飲片車間的除塵單獨的做一個系統，要與其他的車間車間除塵系統劃劃分來。
除塵系統的劃分應適合下列要求：
1. 同一生產流程、同時工作的揚塵點相距不大時，宜合為一個系統。
2. 同時工作但粉塵種類不同的揚塵點，當工藝同意不同粉塵混合回收或粉塵無回收價值時，也可合設一個系統。
3. 溫濕度不同的含塵氣體，當混合后也許導致風管內結露時，應分設系統。
在設計除塵系統時要注重以下幾點：
1．除塵系統的排風點不宜過多，以利各支管間阻力平穩，如排點過多，可用大斷面集·合管連接各支管。集·合管流速不宜超過3m/s。
2．為了預防粉塵在風管內沉積，除塵系統風管盡也許要鉛直或傾斜敷設，傾斜敷設時，與水平面的夾角大于45°，如須水平敷設時，需設置清掃口。
3．除塵系統風道由于風速較高，通常采用圓形風道，同時直徑較小。但是，為了預防風道堵塞，除塵風道的直徑不宜小于下列數據；
排送細小粉塵（礦物粉塵） 80mm
排送較粗粉塵（如木屑） 100mm
排送粗粉塵（如刨花） 130mm
排送木片 150mm
4．除塵系統風管要求的水力平穩性好。關于并聯管路進行水力計算，一般的通風系統要求兩支管的壓力損失差不超過15﹪，除塵系統要求兩支管的壓力損失差不超過10﹪，以保證各支管的風量達成設計要求。
5．除塵系統風管內風速的大小，出了要考慮對其系統經濟性的妨礙外，還要考慮到風管內風速過大對設備協風道磨損過快；風速過小，又會使粉塵沉積，堵塞管道。為了預防粉塵在管道內沉積和堵塞，管內風速不能低于下表列出的低空氣流速。
在實際的運用中，除塵系統常見以下的問題：
1．塵相對較多的藥廠車間設計中，由于産塵點較多，在布置時除塵管道布置過長，導致了除塵結果受到影響。因此在起初的布置時要盡量的把除塵設備間布置在靠近産塵點的地點。如果受到條件的限·制，采用其它形式的除塵，如采用移動式除塵器，或直接采用排風系統，將産塵較少的點直接排出室外。
2．爲了保障除塵系統的正常運行和預防再次汙染環境，應對除塵器收集下來的粉塵妥當處理。其處理原則是減少二次揚塵，保護環境和回收使用，化害爲利，變廢爲寶，提高經濟效益。根據生産工藝的條件，粉塵性質，回收使用的價值，以及處理粉塵量等因素，可采用就地回收，集中回收處理和集中廢棄等方法。
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